Yukio Seki nació en Iyo Saijo, Shikoku, Japón. En 1938, fue aceptado en las academias de la Marina y del Ejército, y optó por alistarse en la Marina. Se graduó en Eta Jima en noviembre de 1941.
Al principio de su carrera estuvo a bordo del acorazado Fuso y del portaaviones Chitose; a bordo de este último desempeñó un papel muy secundario en la batalla de Midway.
En 1942, se matriculó en la academia naval de vuelo de Kasumigaura, Ibaraki, Japón, y se formó como piloto de bombarderos en picado de portaaviones. En enero de 1944, se convirtió en instructor en Kasumigaura. En septiembre de 1944, fue trasladado a Tainan, Taiwán, y en octubre de 1944 al Grupo Aéreo 201 en Filipinas.
En Filipinas, el vicealmirante Takijiro Onishi autorizó la transformación de los ocasionales ataques de cazas suicidas de los pilotos moribundos en una campaña masiva. La primera misión kamikaze fue convocada durante la batalla de octubre de 1944 frente a Samar, durante la campaña de Leyte. El comandante Asaichi Tamai se dirigió a él y le preguntó
“Seki, el Almirante Onishi en persona ha visitado el Grupo Aéreo 201 para presentar un plan de gran importancia para Japón. El plan consiste en lanzar nuestros cazas Zero, cargados con bombas de 250 kilos, en las cubiertas de los portaaviones enemigos, para asegurar el éxito de la operación Sho. Se te está considerando para dirigir esa unidad de ataque. ¿Qué te parece?”.
“Tienes que dejarme hacerlo”, respondió tras un par de segundos, y eso conmovió a Tamai. Sin embargo, más tarde se citó a Seki diciendo: “El futuro de Japón es sombrío si se ve obligado a matar a uno de sus mejores pilotos. No voy a esta misión por el Emperador ni por el Imperio… Voy porque me lo han ordenado”.
El 20 de octubre de 1944, Seki cortó un pequeño mechón de su pelo y se lo dio a Tamai para que se lo llevara a casa a sus padres; era una tradición de los guerreros japoneses que deseaban enviar algo para que sus familias les recordaran.
Pasaron varios días y varias misiones kamikaze infructuosas antes de que el escuadrón de ataque especial Shikishima de cazas Zero de Seki encontrara su objetivo. Antes del ataque, algunos de sus compañeros observaron que Seki buscaba todas las oportunidades para lanzar su bomba antes de considerar un ataque suicida.
Cuando el suboficial jefe Hiroyoshi Nishizawa regresó de la batalla, informó de que el caza de Seki fue el primero en atacar a las 10.45 (los informes estadounidenses sitúan su ataque a las 1051), seguido inmediatamente por otro ataque suicida en el mismo lugar.
Las llamas se elevaron 1.000 metros en el aire, recordó Nishizawa. Todavía se desconoce si Seki se lanzó realmente contra el portaaviones estadounidense St. Lo como kamikaze, pero su bomba de 250 kilos desempeñó sin duda un papel fundamental en el hundimiento del buque estadounidense.
