En cada país ocupado surgieron organizaciones de resistencia que desafiaron al invasor con los medios a su alcance. Desde la Resistencia francesa y el Armia Krajowa polaco hasta los partisanos yugoslavos y soviéticos, estos movimientos clandestinos combatieron la ocupación mediante sabotaje, espionaje, propaganda y combate guerrillero, pagando un precio altísimo por su lucha.
La resistencia adoptó formas muy diversas según el país, las condiciones de ocupación y los recursos disponibles. En algunos casos se trató de grandes ejércitos clandestinos capaces de realizar operaciones militares a gran escala; en otros, de pequeños grupos que distribuían prensa ilegal, escondían a perseguidos o transmitían información a los aliados. Lo que todas estas organizaciones compartían era el riesgo extremo: la captura significaba tortura, deportación a campos de concentración y, casi siempre, la muerte.
El Armia Krajowa polaco fue el mayor ejército clandestino de la Europa ocupada, con más de trescientos mil miembros en su momento álgido. Organizó el heroico Levantamiento de Varsovia de 1944, aplastado brutalmente por los alemanes mientras el Ejército Rojo esperaba al otro lado del Vístula. El maquis francés, que tomó su nombre de la vegetación mediterránea donde se escondían sus combatientes, creció enormemente tras la introducción del servicio de trabajo obligatorio en 1943, cuando miles de jóvenes prefirieron la clandestinidad a trabajar para Alemania.
Las Fuerzas Francesas Libres, organizadas por De Gaulle desde Londres, representaron la continuidad de la Francia combatiente y coordinaron sus acciones con los movimientos de resistencia del interior. En los Balcanes, los partisanos de Tito libraron una auténtica guerra de liberación contra las fuerzas de ocupación, mientras en Dinamarca la resistencia logró salvar a la práctica totalidad de la comunidad judía danesa mediante una evacuación clandestina a Suecia.
La resistencia checa ejecutó una de las operaciones más audaces de la guerra: el asesinato de Reinhard Heydrich, el gobernador nazi de Bohemia y Moravia, en mayo de 1942. La represalia alemana fue feroz, con la destrucción total de la aldea de Lídice. En Bélgica, Austria y Filipinas, los movimientos de resistencia operaron en condiciones igualmente difíciles, saboteando infraestructuras, recogiendo inteligencia y proporcionando una estructura de resistencia moral contra la ocupación.