Los Aliados crearon una red de organizaciones de inteligencia, sabotaje y operaciones especiales que resultó decisiva para el resultado de la guerra. El SOE británico, la OSS estadounidense, los servicios de inteligencia MI5 y MI6, y las agencias de descifrado como Bletchley Park libraron una guerra secreta paralela al conflicto armado, proporcionando información vital y desestabilizando al enemigo desde dentro.
El Special Operations Executive (SOE), creado por Churchill en 1940 con el mandato de "incendiar Europa", fue una organización sin precedentes dedicada al sabotaje, la subversión y el apoyo a los movimientos de resistencia en los países ocupados. Sus agentes, hombres y mujeres reclutados entre civiles con conocimientos lingüísticos y habilidades especiales, operaron tras las líneas enemigas en condiciones de extremo peligro. Muchos fueron capturados, torturados y ejecutados.
La Office of Strategic Services (OSS), el equivalente estadounidense del SOE, fue el embrión de la futura CIA. Fundada en 1942 bajo la dirección de William Donovan, la OSS combinó operaciones de inteligencia, sabotaje y guerra psicológica en todos los teatros del conflicto. Su legado institucional se prolongó mucho más allá de la guerra.
Los servicios de inteligencia británicos MI5 y MI6 desempeñaron funciones complementarias: el MI5 se encargaba de la contraespionaje en territorio nacional, mientras el MI6 operaba en el exterior. El sistema de dobles agentes gestionado por el MI5, conocido como el Comité XX, logró engañar sistemáticamente a la inteligencia alemana y fue un factor clave en el éxito de operaciones de decepción como Fortitude, que desvió la atención alemana de Normandía.
En el campo militar, las fuerzas aliadas contaron con organizaciones que definieron sus respectivas tradiciones bélicas. El Ejército Rojo soviético soportó el peso principal de la guerra terrestre contra Alemania y pagó el precio más alto en vidas humanas. La Royal Air Force británica defendió el cielo de Inglaterra en 1940 y llevó la guerra al corazón de Alemania con sus campañas de bombardeo estratégico. La Royal Navy mantuvo abiertas las rutas de suministro del Atlántico. Los Marines estadounidenses protagonizaron la brutal guerra de islas en el Pacífico, mientras la US Navy transformó la guerra naval con su doctrina de grupos de portaaviones.